Bei dem Luftangriff auf Frankfurt vom 22. März 1944, der 112. Todestag Goethes, wurde der Straßenzug des Großen Hirschgrabens schwer beschädigt und auch das Goethe-Haus durch Fliegerbomben zerstört. Schon 1947 begann die originalgetreue Rekonstruktion durch den Architekten Theo Kellner; 1951 fand die feierliche Eröffnung statt. Die während des Kriegs ausgelagerten Schätze an Möbeln, Kunst- und Gebrauchsgegenständen, Büchern, Bildern und Handschriften konnten in Goethes Elternhaus heimkehren.

Über die Sinnhaftigkeit der Rekonstruktion gab es nach 1945 eine große Debatte. Stadtbaudirektor und Planungsamtsleiter Werner Hebebrand und Stadtbaurat Eugen Blanck lehnten den Wiederaufbau des Goethe-Hauses ab, desgleichen tat dies der katholische Publizist Walter Dirks. Eine Umfrage des Deutschen Werkbundes Hessen vom Frühjahr 1947 unter Architekten und Kunsthistorikern erbrachte das gleiche Ergebnis, und das erste Heft der Zeitschrift „baukunst und werkform“ hatte als Grundsatzforderung für den Wiederaufbau veröffentlicht: „Das zerstörte Erbe darf nicht historisch rekonstruiert werden, es kann nur für neue Aufgaben in neuer Form entstehen.“ Auf der Seite der „Rekonstruktionisten“ standen unter anderem der Nobelpreisträger Hermann Hesse, der Philosoph Karl Jaspers und der aus der Emigration heimgekehrte Großindustrielle Richard Merton. Letztlich setzten sich die Anhänger der Rekonstruktion durch.